Pirmoji mokykla Dūkšto apylinkėse buvo įkurta apie 1890 m. Pažemiškių kaime. Tuomet mokyklose buvo mokoma rusų kalba, ir tik lenkų užimtoje teritorijoje, Rytų Lietuvoje – lenkiška.

• 1936 m. pradėtas statyti pagrindinis Dūkšto mokyklos pastatas, kuris iki Antrojo pasaulinio karo nebuvo pabaigtas.
• 1945 m. Dūkšto dvare buvo atidaryta pirmoji progimnazijos klasė.
• 1946 m. Dūkšte atidarytos 3 progimnazijos klasės. 1947 m. mokykla persikėlė į dabartines patalpas.
• Ėjo laikas, keitėsi gyvenimas, o kartu su juo ir mokykla. Taip 1953 m. brandos atestatus gavo pirmieji abiturientai—17 mokinių.
• 1976 m. buvo pastatytas pirmasis, o 1988 m.—antrasis priestatas su erdvia sporto sale, valgykla, naujais kabinetais.
• 1997 m. išleista paskutinioji rusiškos mokyklos laida.
• 2003 m. mokyklą baigė 50-oji abiturientų laida.

Mokyklos vadovai: (buvę) R. Žeižytė, B.Karklelytė, Č.Skukauskas, K. Paškonis, J.Jadzevičius, A.Šimkūnas, A. Skunčikas, A.Marcinauskas, B.Smalienė, S.Ščiurova. 
Dabar vadovauja J. Griškienė.

Mokykloje mokosi apie 200 mokinių. Iš viso mokyklą baigė apie 1700 abiturientų ir dirbo apie 300 mokytojų.

Mokykla didžiuojasi savo buvusiais mokiniais :

• E. Zavadsku - profesoriumi, VGTU rektoriumi,
• R. Varnaite - biologijos mokslų daktare,
• R.Baubinu - fizikos, matematikos mokslų daktaru, geografijos mokslų daktaru,
• Alvydu Zagorskiu - VGTU docentu,
• ir visais kitais, kurie prasmingu darbu kuria savo būtį, garsina mūsų mokyklą.